La plus ancienne cosmogonie est probablement originaire d'Héliopolis, vénérable sanctuaire solaire que les Textes des Pyramides mentionnent dès la fin de la cinquième dynastie.
❖ Création d'Héliopolis
Héliopolis (ville du Soleil) est le nom que les grecs ont donné à la ville antique de Onou (ou Onou-Iounou). Les premières constructions datent du XXVIIe siècle pour former petit à petit la capitale du treizième nome de Basse-Égypte.
Selon cette théorie, il y avait au début le chaos constitué par l'eau primordiale, le Noun, un monde inerte, sans vie, sans mort, sans jour ni nuit. Du Noun a surgi la colline primordiale sur laquelle s'élevait le sanctuaire Héliopolis, ce à quoi les autres centres concurrents prétendaient aussi. Le surgissement de la colline originelle correspond à la réapparition annuelle des terres submergées par l'inondation du Nil. Sur cette colline est apparu Atoum, dont le nom signifie à la fois « ne pas être » et « complet ».
Ce monticule, nommé Benben, a surgi des eaux primordiales Noum sur lequel la divinité créatrice Atoum s'est installée. La pierre Benben (également connue sous le nom de pyramidion) est la pierre supérieure de la pyramide. Il est également lié au sommet de l'obélisque.
En tant qu'Atoum-Rê, il a créé la lumière en opposition aux ténèbres du Noun. Ensuite, par l'union avec son ombre ou en s'inséminant lui-même (son nom « le grand Lui-Elle » fait allusion à son caractère bisexuel), il a créé Shou, le dieu de l'air, en le crachant, et Tefnout, l'humide, en la vomissant. Pour la première fois, Shou et Tefnout incarnent les principes masculins et féminins distincts mais complémentaires. Ensemble, ils ont donné naissance à Geb, la terre, et à Nout, le ciel.
Dans les représentations, la déesse du ciel, Nout, a voûté son corps au-dessus de Geb, le dieu de la terre, qui est couché. Elle touche le sol uniquement avec les pointes des doigts et des orteils. Entre les deux se tient Shou levant les bras pour soutenir le corps de Nout : il constitue l'espace de l'air. Ainsi ont été formés les éléments cosmiques fondamentaux. De ceux-ci est née la quatrième génération de dieux qui complète l'Ennéade d'Héliopolis, à savoir Osiris, Isis, Seth et Nephtys.
Cette généalogie n'était cependant pas du tout comprise comme un système rigide et immuable. Ainsi, Osiris peut être également le fils de Shou et de Tefnout, et Nout, la déesse du ciel, est présentée parfois comme « mère de tous les dieux », titre honorifique attribué aussi à Isis au Nouvel Empire. Selon l'époque ou la région, les différentes divinités masculines peuvent toutes porter l'épithète de « père des dieux ». De même, Aton, le dieu d'Akhénaton, est qualifié de « mère et père de ce que tu as créé », rappelant ainsi clairement l'acte de création d'Atoum.
Et pourtant Atoum, « le seigneur au nom mystérieux » qui est à l'origine de toute la création, occupe une place privilégiée. Contrairement aux autres dieux, lui le non-créé ne succombera pas à la mort qui, à la fin de la création que le dieu détermine lui-même, éteindra toute existence. Il est dit dans le chapitre 175 du "Livre des Morts" :
Je suis celui qui vais détruire tout ce que j'ai créé. Ce monde retournera dans l'océan primordial, dans le flot originel, comme à ses débuts. Je suis celui qui subsistera avec Osiris après m'être transformé de nouveau en d'autres serpents que les hommes ne connaissent pas et que les dieux ne voient pas
(d'après Erik Hornung, égyptologue Suisse ).