La religion des anciens estoniens était basée sur des croyances animistes.

Le monde des ancêtres des Estoniens tournait autour d’un pilier ou d’un arbre sur lequel le ciel était cloué grâce à l'étoile polaire. La Voie Lactée (Linnutee en Estonien ou la voie des oiseaux) était une branche de l’arbre mondial (Ilmapuu) et le moyen par lequel les oiseaux se déplaçaient et emmenaient l’âme du défunt dans l’Au-delà.

Le dieu principal est Taara qui est célébré dans les forêts de chênes sacrés autour de Tartu.